Die Stiftung Niedersachsen betreut Stiftungen treuhänderisch oder als Geschäftsbesorger. Sie folgt damit auch ihrer Satzung, die die „Verwaltung und Nutzung der mit einer besondere Zweckbestimmung versehenen Zuwendungen an die Stiftung” vorsieht. Auf diese Weise bietet die Stiftung ihre Erfahrung und Dienstleistung an, um gemeinwohlorientiertes Engagement ins Leben zu rufen, zu fördern und zu professionalisieren. Drei Stiftungen befinden sich derzeit in der Obhut der Stiftung Niedersachsen. Darüber hinaus ist die Stiftung auch „Treuhänderin“ wertvoller Streichinstrumente.